הצטרפתי למרכז לאוטנברג לאימונולוגיה וחקר הסרטן בפקולטה לרפואה של האוניברסיטה העברית בינואר 2019. כך חזרתי למקום שבו התחיל המסע האקדמי שלי, בתואר ראשון ושני באוניברסיטה העברית במתמטיקה ומדעי המחשב באוניברסיטה העברית. את הדוקטורט עשיתי במכון ויצמן בהנחייתו של פרופ' איתן דומאני, במחקר על גנומיקה של סרטן. להשלמת המעבר שלי למחקר ביו-רפואי עברתי להשתלמות פוסט-דוקטורט עם פרופ' בראד ברנשטיין בנושא אפיגנטיקה של סרטן במכון ברוד, בבית החולים הכללי של מסצ'וסטס ובבית הספר לרפואה של הרווארד.
על אף התקדמות מדהימה במיפוי והבנה של מוטציות בגנים והתפקיד שלהן בסרטן, אנחנו עדיין לא יודעים במקרים רבים מה גורם לגידול מסוים. אני מאמין שחלק גדול מזה נובע משינויים גנטיים ואפיגנטיים באזורים שאינם מקודדים לגנים, ושכדי להבין סרטן אנחנו חייבים לחשוף שינויים אלו ולהבין את תפקידם. אכן, כמעט כל הדנ"א שלנו לא מקודד לגנים, ורבים מהרצפים הללו אחראיים על בקרה של תהליכים הקשורים בדנ"א כגון שעתוק, שכפול וקיפול (המבנה התלת ממדי של הכרומוזום). כפי שהדגמנו לאחרונה, שינויים באזורי בקרה אלו יכולים לגרום לסרטן, אבל הקף התופעה ומנגנוני הפעולה עדיין לוטים בערפל. אנחנו גילינו מספר דוגמאות של שינויים כאלו באזורי בקרה, בניהן- מנגנון חדש בו שינויים אפיגנטיים גורמים לשינוי בקיפול הדנ"א שגורם לסרטן [1,2], טרנסלוקציות גנטיות שמחווטות מחדש בקרת שעתוק [3,4], ותתי סוגים רגולטורים חדשים של גידולים נוירואנדוקריניים [5]. תגליות אלו אפשרו לנו להציע דרכי טיפול חדשות שנמצאות בבחינה יותר מעמיקה עבור סרטנים במח, בקיבה בבלוטות הרוק ובלבלב.
במעבדה שלי באוניברסיטה העברית אנחנו פועלים לחשוף בצורה שיטתית ומערכתית של התפקיד של שינויים גנטיים ואפיגנטיים של אזורי בקרה בדנ"א בסרטן. אנחנו נוקטים בשיטה אינטגרטיבית שמשלבת ניסויים מבוקרים במודלים של סרטן עם אנליזה של גידולים מחולים, באמצעות שיטות ניסוייות חדישות ואנליזות חישוביות בגישה של מערכות לומדות ונתוני עתק (big data). אנחנו חוקרים שאלות בסיסיות על התפקיד של אזורי בקרה וקיפול דנ"א בסרטן כמו גם שאלות יותר רלוונטיות קלינית על רצפי הבקרה שגורמים לסרטנים מסוגים שונים. תגליות אלו מאפשרות לזהות סמנים ביולוגיים (biomarkers) ומטרות חדשות לתרופות וכן פיתוח אלגוריתמיים לחיזוי התקדמות המחלה ולשיפור הטיפול בה.
- Flavahan WA*, Drier Y*§, Johnstone S, Tarjan D, Hegazi E, Shareef SJ, Javed NM, Raut CP, Eschle BK, Gokhale PC, Hornick JL, Sicinska ET, Demetri GD§, Bernstein BE§. Altered chromosomal topology drives oncogenic programs in SDH-deficient GISTs. Nature 2019, Accepted. * Equal Authorship, § corresponding author.
- Flavahan WA*, Drier Y*, Liau BB, Gillespie SM, Venteicher AS, Stemmer-Rachamimov AO, Suvà ML, Bernstein BE: Insulator dysfunction and oncogene activation in IDH mutant gliomas. Nature 2016, 529(7584):110-4. * Equal Authorship.
- Drier Y, Cotton MJ, Williamson KE, Gillespie SM, Ryan RJ, Kluk MJ, Carey CD, Rodig SJ, Sholl LM, Afrogheh AH, Faquin WC, Queimado L, Qi J, Wick MJ, El-Naggar AK, Bradner JE, Moskaluk CA, Aster JC, Knoechel B, Bernstein BE: An oncogenic MYB feedback loop drives alternate cell fates in adenoid cystic carcinoma. Nature Genetics 2016, 48(3):265-272.
- Ryan RJ*, Drier Y*, Whitton H, Cotton MJ, Kaur J, Issner R, Gillespie S, Epstein CB, Nardi V, Sohani AR, Hochberg EP, Bernstein BE: Detection of Enhancer-Associated Rearrangements Reveals Mechanisms of Oncogene Dysregulation in B-cell Lymphoma. Cancer discovery 2015, 5:1058-1071. * Equal Authorship.
- Cejas P*, Drier Y*§, Dreijerink KMA, Brosens LAA, Deshpande V, Epstein CB, Conemans EB, Morsink FHM, Graham MK, Valk GD, Vriens MR, Fernandez-del Castillo C, Ferrone C, Adar T, Bowden M, Whitton HJ, Da Silva A, Font-Tello A, Long HW, Gaskell E, Shoresh N, Heaphy CM, Sicinska E, Kulke MH, Chung DC, Bernstein BE§, Shivdasani RA§. Enhancer signatures stratify and predict outcomes of non-functional pancreatic neuroendocrine tumors. Nature Medicine 2019, 25(8):1260-1265. * Equal Authorship, § corresponding author.
