הפקולטה לרפואה של האוניברסיטה העברית בירושלים היא מוסד מחקר בעל מוניטין בין-לאומי, המספק סביבה המעודדת חתירה לגילויים מדעיים ופריצות דרך חלוציות. ייחודה של הפקולטה בשמשה משכן לחוק​​​רים מהמגזר האוניברסיטאי ומהמגזר הקליני, וכך מספקת תנאים אידיאליים להפריה הדדית, לקידום גישות חדשניות למחקר ביו-רפואי ולטיפול בחולה. אכן, המגוון הרחב של תחומי המחקר בפקולטה משקף שיתופי פעולה נמרצים הן במישור הקליני והן במישור המדעי. מחקר בין-תחומי זה מתמקד בשטחים בעלי חשיבות מהמעלה הראשונה כמו סרטן, סוכרת, מיקרוביולוגיה, מחלות זיהומיות, אימונולוגיה, נוירוביולוגיה, ביולוגיה התפתחותית, פרמקולוגיה, וביואינפרמטיקה.

הפקולטה מונה כחמש מאות מלומדים וחוקרים בתחומים הקליניים והביו-רפואיים, המחויבים לפיתוח, ליישום ולהנחלת הידע התיאורטי, והגישות הניסוייות. חברי הפקולטה משתפים פעולה עם עמיתים ממרכזים רפואיים מובילים ברחבי העולם, ולרשותם נזקפת הצלחה רבה בהשגת מענקי מחקר תחרותיים. עבודותיהם המדעיות זוכות תדיר לפרסום בעיתונים בין-לאו​​​מיים מן השורה הראשונה ומצוטטים רבות. מן הראוי לציין, כי שנים עשר מחברי הפקולטה נמנים על הזוכים בפרס ישראל ושניים אף זכו בפרס וולף היוקרתי.

בין תחומי המחקר המובילים נמצאים:

• מחלות זיהומיות
• סרטן
• מחקר מוח (לדוגמא: אפילפסיה, מחלת אלצהיימר ומחלת פרקינסון)
• סוכרת
• תזונה​
• ביולוגיה התפתחותית
• תאי גזע
• גנטיקה של האדם ואפיגנטיקה
• פיתוח תרופות ואמצעים להובלתן ולהכוונתן
• מחלות דלקתיות ואוטואימוניות
• בריאות הציבור ורפואה קהילתית