1924-1946: האוניברסיטה העברית בירושלים הקימה את המחלקה לפרזיטולוגיה בסיוע "ועד הרופאים היהודיים" בניו יורק בשנת 1924, שנה לפני הפתיחה הרשמית של האוניברסיטה. מחלקה זו בישרה את הקמתו של המכון למיקרוביולוגיה. שנתיים לאחר מכן, הוקמה המחלקה לבקטריולוגיה והיגיינה. בשנת 1936 חתמו האוניברסיטה העברית וארגון הדסה -ההסתדרות הנשים הציוניות בארה"ב על הסכם להקמת מרכז רפואי על הר הצופים. זו הייתה התחלת שיתוף העולה המבורך בין שני מוסדות אלה שהתרחב במשך השנים לתחומים נוספים ואשר תרם רבות לחינוך הרפואי במדינת ישראל. עם השלמת בית החולים של הדסה על הר הצופים בשנת 1939 החלה הפרה-פקולטה לרפואה בפעולתה שעיקרה היה השתלמויות לרופאים ופיתוח מחקר רפואי.
1946-1948: לאחר סיום מלחמת העולם השניה, האוניברסיטה והדסה חתמו על הסכם נוסף להקמת בית הספר לרפואה הראשון בישראל, כאשר האוניברסיטה מפקחת על קורסים פרה-קליניים ובית החולים הדסה החדש בהר הצופים אחראי להוראה הקלינית. מלחמת העצמאות ב -1948 והאסון המארב הערבי הידוע לשיירה הרפואית להר הצופים, בו נהרגו 78 אנשי סגל האוניברסיטה ובית החולים, דחה את הקמת בית הספר.
1949-1964: לחץ מטעם התלמידים ומטעם צה"ל, גרמו לכך שבחורף 1949 הוחל בלימודי השלמה לעולים שהפסיקו לימודיהם בחוץ לארץ. בל"ג בעומר של אותה שנה, נפתח רשמית בית הספר לרפואה בטקס רב רושם בגן העיר שליד מגרש הרוסים בנוכחות ראשי המדינה, האוניברסיטה העברית והדסה.
בשנת 1950 נפתח מחזור נוסף שכלל בעיקר עולים חדשים שסיימו חמש שנות לימודי רפואה בחו"ל.
בשנת 1952 סיים המחזור הראשון של בית הספר לרפואה, ו 63 בוגריו קיבלת את התואר "דוקטור לרפואה". לרגל המאורע, חובר נוסח עברי לשבועת הרופא, על ידי פרופ' ליפמן היילפרין; בנוסח נשבעים עד היום בה כל בוגרי הפקולטות לרפואה בארץ עם תום לימודיהם. באותו שנה, החל המחזור החדש את כל לימודיו בבית הספר לרפואה, החל משנה א'.
בתי הספר לרוקחות ורפואת שיניים (שלאחר מכן קיבלה מעמד נפרד כפקולטה) נוסדו בשנת 1953, כמענה לצורכי האוכלוסייה הגדלה במהירות. בשנת 1960 עברו למחלקות הקליניות של הפקולטה לקמפוס הרפואי החדש בעין כרם, ואחריו יחידות פרה-קליניות ב- 1964.
1965-1980: בשנים אלה, הפקולטה גדלה והתווספו שלושה בתי ספר נוספים – בית הספר לסיעוד בשנת 1975, בית ספר לריפוי בעיסוק ב -1978 ובית הספר לבריאות הציבור והרפואה הקהילתית ב 1980.
1990-2000: הפקולטה לרפואה פתחה את בית הספר לריפוי בעיסוק על הר הצופים, וחתמה על הסכם סינוף עם בתי חולים נוספים בירושלים בית החולים שערי צדק וביקור חולים (אשר סופח לבית החולים שערי צדק ב 2013). כמו כן, נחתם הסכם סינוף עם שלושה בתי חולים פסיכיאטרים: הרצוג, טלביה וכפר שאול. בנוסף, הפקולטה השיקה תוכנית בוגר במדעי הרפואה שמושכת אליה כ -60 תלמידים בשנה. התוכנית מכשירה חוקרים במדעי הרפואה, ומבוגריה מאיישים משרות בכל הפקולטות הרפואיות בארץ.
2000 עד היום: מספר בתי החולים והמוסדות הרפואיים המסונפים גדל, וכולל כיום את "קופת חולים כללית" (מחוז ירושלים) המרחיבה את יכולות ההוראה והכשרה ברפואה קהילתית מחוץ לבית החולים למרפאות ראשוניות בקהילה. בנוסף, נחתם הסכם סינוף עם בית החולים קפלן ברחובות.
בשנת 2008 הפקולטה ארגנה מחדש את מבנה המחקר שלה ובתהליך הוקמו שני מכוני מחקר: המכון למחקר רפואי ישראל-קנדה (IMRIC) המקיף את כל תחומי המחקר בבית הספר לרפואה, ובהמשך בשנת 2009 המכון למדעי התרופה (IDR) שבבית הספר לרוקחות. תכניות אלו התאפשרו עם הקמתו של בניין מחקר חדש בקמפוס עין כרם המכיל מעבדות מחקר מאובזרות. במקביל, מעבדות מחקר אחרות בקמפוס עוברות שיפוץ כדי לאפשר מחקר רפואי מודרני. והעבודה על כך עדיין בעיצומה. בשנת 2010 פתחו האוניברסיטה העברית ומשרד הביטחון את בית הספר הראשון לרפואה צבאית בישראל. בית הספר משלב 60 תלמידים בשנה בתכנית הרגילה ברפואה, בהוראה ובהדרכה נוספת ברפואה צבאית. תכנית זו מותאמת לצרכי חיל הרפואה של צה"ל ונעשית בשיתוף פעולה הדוק עם ראשיה.
